Organizmy żywe są zdolne do adaptacji. Są one w stanie rozwinąć mechanizmy obronne przed wrogami i konkurentami, aby zapewnić sobie przetrwanie.

Bakterie, jako żywe organizmy, również mogą nabyć mechanizmy obronne przeciwko antybiotykom. Oznacza to, że antybiotyki stosowane w leczeniu tych bakterii stają się nieskuteczne. Ponieważ bakterie rozmnażają się przez podziały komórkowe, te nowe mechanizmy obronne są przekazywane następnemu pokoleniu i kolejnym pokoleniom.

Niektóre bakterie są nawet w stanie przekazać te właściwości innym rodzajom bakterii, umożliwiając uodpornienie się kilku szczepów bakterii. Jeden na trzy szczepy bakterii jest obecnie odporny na konwencjonalne antybiotyki. Ta odporność na antybiotyki nazywana jest antybiotykoopornością. Sam człowiek nie może uodpornić się na antybiotyki.

Nadużywanie i nieprawidłowe stosowanie antybiotyków to jedne z głównych przyczyn oporności na antybiotyki. Podobnie jak niepotrzebne stosowanie antybiotyków, na przykład przepisywanych w przypadku infekcji wirusowych lub w celu uniknięcia wtórnych zakażeń. Wirusy nie są organizmami żywymi, więc nie można ich leczyć antybiotykami.

Zamiast zwalczać bakterie poprzez wyważone i ukierunkowane stosowanie antybiotyków, przez wiele lat przepisywano je w nadmiarze; często nieprawidłowo i przypadkowo. Nadmierne dążenie do bezpieczeństwa spowodowało, że antybiotyki są często przepisywane niepotrzebnie, aby uzasadnić unikanie wtórnych zakażeń.

Tutaj również często winę ponoszą pacjenci. Mogą wywierać nacisk na swoich lekarzy pierwszego kontaktu, aby przepisali antybiotyki tuż przed weekendem lub wakacjami, mimo że może nie być jasne, czy infekcja jest bakteryjna, a zatem czy można ją leczyć antybiotykami.

Ale nie tylko ludzie nadużywają antybiotyków. Rolnictwo przemysłowe jest również odpowiedzialne za nadmierne wykorzystywanie produktów na dużą skalę. Duża liczba zwierząt zgromadzonych w zamkniętych pomieszczeniach sprzyja przenoszeniu się infekcji. Antybiotyki są często mieszane z paszą dla zwierząt, aby uniknąć masowych infekcji i ewentualnych negatywnych skutków finansowych. Późniejsze spożywanie mięsa tych zwierząt przez człowieka umożliwia również przedostawanie się do naszego organizmu opornych bakterii z produktów mięsnych.

Istotnym problemem są również patogeny szpitalne, znane jako „superbakterie". Są to wielooporne bakterie występujące w szpitalach, których nie można leczyć antybiotykami. Szczególne obawy budzą oporne na metycylinę szczepy gronkowca złocistego, znane jako MRSA (Methicillin-resistant Staphylococcus aureus), będące częstą przyczyną zakażeń wewnątrz szpitalnych. Ponieważ po operacji układ odpornościowy wielu osób jest osłabiony, bakterie te mogą okazać się śmiertelne w skutkach dla pacjentów.